Analisis Keragaman DNA
Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah
suatu reaksi in vitro untuk menggandakan molekul DNA pada target tertentu
dengan cara mensintesa molekul DNA baru yang berkomplemen dengan molekul DNA
tersebut dengan enzim polymerase dan oligonukleotida pendek sebagai primer dalam
mesin Thermal Cycler. Teknik ini berjalan secara enzimatik melalui mekanisme
perubahan suhu.
Proses yang terjadi dalam
mesin PCR meliputi tiga tahap utama yaitu denaturasi (pemisahan untai
ganda DNA), annealing (penempelan primer) dan ekstensi (pemanjangan primer).
Proses dari mulai denaturasi, penempelan hingga pemanjangan disebut sebagai satu
siklus. Produk PCR dapat langsung divisualisasikan melalui proses elektroforesis
dan dapat digunakan untuk analisis lebih lanjut (Muladno, 2002). Keragaman DNA
amplikon atau produk PCR dapat dilakukan dengan berbagai cara, antara lain RFLP,
SSCP, TGGE dan sequencing.
Restriction FragmentLength
Polymorphism(RFLP)
PCR-RFLP merupakan teknik analsis
lanjutan dari produk PCR. Teknik PCR memanfaatkan perbedaan pola
pemotongan enzim restriksi atau enzim pemotong yang berbeda pada tiap-tiap
mikroorganisme. Analisis RFLP sering digunakan untuk mendeteksi lokasi genetik
dalam kromosom yang menyandikan penyakit yang diturunkan (Orita et al., 1989)
ataupun untuk mendeteksi adanya keragaman gen yang berhubungan dengan
sifat ekonomis, seperti produksi dan
pertumbuhan.
Teknik Polymerase Chain Reaction (PCR)a
merupakan suatu teknik yang digunakan untuk memperbanyak segmen DNA secara in
vitro (Ausubel, 1995). Segmen DNA tersebut kemudian dapat diketahui runutan
nukleotidanya, salah satunya yaitu dengan menggunakan enzim restriksi. Enzim
restriksi dapat memotong DNA secara spesifik dan terbatas pada situs yang
dikenalinya (Lewin, 1994). Perbedaan pola pemotongan DNA dari jenis gen yang
sama antara beberapa ternak disebut Restriction Fragment Length
Polymorphism (RFLP).
Pada prinsipnya, RFLP
merupakan semua mutasi yang menghilangkan atau menciptakan sekuen rekognisi baru
bagi enzim restriksi. Penyisipan (inersi),penghilangan (delesi), maupun
subtitusi nukleotida yang terjadi pada daerah rekognisi suatu enzim restriksi
menyebabkan tidak lagi dikenalinya situs pemotongan enzim restriksi dan
terjadinya perbedaan pola pemotogan DNA (Lewin,1994).
Single Strand Conformation
Polymorphism (SSCP)
TemperatureGradient Gel Electrophoresis
(TGGE)dan Denaturing Gradient Gel
Electrophoresis(DGGE)
Polymerase Chain Reaction-Temperature
Gradient Gel Electrophoresis (PCR-TGGE) adalah suatu metode analisis keragaman
yang mendeteksi adanya mutasi menggunakan gel yang memiliki perbedaan suhu
(Jasik dan Reichert, 2006). Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE)
merupakan salah satu metode yang dapat membedakan adanya mutasi berdasarkan
berat molekul fragmen DNA pada gel yang memiliki perbedaan konsentrasi bahan
untuk menyamakan bera tmolekul (denaturing) (Liu et al.,2008).
Sequencing
Sequencing merupakan satu terobosan utama
dalam genetika molekuler untuk menganalisis keragaman molekul DNA. Sequencing
merupakan proses penentuan urutan nukleotida pada suatu fragmen DNA atau RNA.
Sequencing menghasilkan penggambar linear simbolik yang disebut sekuen yang
meringkas sebagian besar struktur tingkat atom atas molekul yang disekuensing.
Sequencing DNA akan menghasilkan sekuen DNA yang digambarkan sebagai untaian
abjad lambang nukleotida-nukleotida penyusun DNA (Muladno,2002).
Tipe polimorfisme yang dideteksi yaitu
pertukaran satu basa dan menghasilkan informasi sekuen yang dibutuhkan. Proses
Sequencing dapat dilakukan dengan secara cepat dan hasil yang diperoleh tinggi
(akurat),akan tetapi biaya yang dibutuhkan cukup besar (Gupta et al., 2002).
Sumber:
Barroso, A., S. Dunner, dan J. Canon. 199.
Technical note: use PCR-single strand
conformation polymorphism analysis
for detection of Bovine ?-casein variants A1, A2,
A3, and B.J. Anim. Sci.
77:2629-2632.
Gupta, P.K., R.K. Varshneydan M. Prasad. 2002. Molecular Markers:
Principles and
Methodology. Dalam: Jain, S.M.,
D.S. Brar, dan B.S.Ahloowalia (Eds.). Molecular
Techniques in Crop Inprovement.
P.9-54.
Liu, G., T. Amemiya, dan K.Itoh. 2008. Two-dimensional DNA gel
electrophoresis mapping: a novel approachto diversity analysis of bacterial
communities in environmental soil. J. ofBioscience and Bioengineering,
105:127-133.
Muladno. 2002. Seputar Teknologi Rekayasa Genetika. Pustaka WirausahaMuda
dan USESE Foundation. Bogor.
Orita, M., H. Iwahana, H.Kanazawa, K.
Hayashi, dan T. Sekiya. 1989. Detection of
polymorphisms of humanDNA by
gel electrophoresis as a single-strand conformation
polymorphism.
Proc.Natl. Acad. Sci. 86:2766-2770.
Source: http://risnotes.com/2011/08/mengenal-analisa-dna/#ixzz2HfQ3uZAX
- Semoga Bermanfaat -
0 komentar:
Posting Komentar